1. 甲方手续不全致所干工程全部被执法大队拆除，我该昨办？
2. 民营企业有没有权利以涉嫌犯罪的名义要求员工交钱来达成谅解？
3. 对行政部门联合执法出现的违法行为如何起诉，可以起诉他的上级行政部门吗？

甲方手续不全致所干工程全部被执法大队拆除，我该昨办？

谢谢邀请！如果您与甲方签订了施工承包合同，那么在合同通用条款、专用条款中，针对甲乙双方各自承担的风险会有明确的约定。而您提到的因甲方手续不全导致您按合同所干合同工程被拆除，这是属于甲方应承担的风险范围，只要您按承包合同履约了，甲方就应承担违约责任，您可向甲方去函要求甲方赔偿，并向其提供证明材料。若甲方拒绝赔偿，则您可按合同约定的争议解决方式，或采取申请仲裁，或向人民法院起诉。

民营企业有没有权利以涉嫌犯罪的名义要求员工交钱来达成谅解？

不仅没有此权利，用人单位更淡嫌违法。

1 如果员工违反了用人单位的规章制度，按制度该怎么处罚就怎么处罚。

2 如果员工涉嫌了刑法行为，如盗窃，泄漏单位机密信息换取报酬等，应交与当警方，並配合调查取证。由警方定性。

3 用私下协议，用金钱解决本身就是违法。

当然没有，企业不是国家执法机关没有认定对方涉嫌犯罪的权力，更没有权力要求对方交钱。如果真有企业这么干，那企业肯定违法，员工可以劳动仲裁也可以告企业。就是员工行为过激涉嫌犯罪那也是执法机关按法律进行处理，而不能要求员工私下交钱达成谅解。

对行政部门联合执法出现的违法行为如何起诉，可以起诉他的上级行政部门吗？

不能起诉作出行政行为的行政单位的上级行政部门，只能起诉作出行政行为的行政机关。如果作出行政行为的是几个机关，可以一同起诉。《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第十九条　当事人不服经上级行政机关批准的具体行政行为，向人民法院提起诉讼的，应当以在对外发生法律效力的文书上署名的机关为被告。